java.lang.Object | +--Allineamento
Classe astratta Allineamento: rappresenta l'allineamento ottimo tra due sequenze di aminoacidi
Constructor Summary | |
Allineamento(Sequenza sequenza1,
Sequenza sequenza2,
MatriceSostituzione matrice,
PenalitàGap penalitàGap)
Constructor for objects of class Allineamento |
Method Summary | |
abstract void |
eseguiAllineamento()
Metodo astratto che calcola l'allineamento ottimo |
MatriceSostituzione |
matriceSostituzione()
Metodo che restituisce la matrice di sostituzione |
abstract int |
maxPunteggio()
Metodo astratto che restituisce il punteggio massimo globale |
PenalitàGap |
penalitàGap()
Metodo che restituisce la penalità dei gap |
abstract java.lang.String[] |
percorsoOttimo()
Metodo astratto che restituisce il percorso ottimo (dalla matrice p dei percorsi) |
Sequenza |
sequenza1()
Metodo che restituisce la prima sequenza di aminoacidi |
Sequenza |
sequenza2()
Metodo che restituisce la seconda sequenza di aminoacidi |
Methods inherited from class java.lang.Object |
clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait |
Constructor Detail |
public Allineamento(Sequenza sequenza1, Sequenza sequenza2, MatriceSostituzione matrice, PenalitàGap penalitàGap)
Method Detail |
public abstract void eseguiAllineamento()
public MatriceSostituzione matriceSostituzione()
public abstract int maxPunteggio()
public PenalitàGap penalitàGap()
public abstract java.lang.String[] percorsoOttimo()
public Sequenza sequenza1()
public Sequenza sequenza2()