Class Allineamento

java.lang.Object
  |
  +--Allineamento

public abstract class Allineamento
extends java.lang.Object

Classe astratta Allineamento: rappresenta l'allineamento ottimo tra due sequenze di aminoacidi

Author:
roberto bandiera

Constructor Summary
Allineamento(Sequenza sequenza1, Sequenza sequenza2, MatriceSostituzione matrice, PenalitàGap penalitàGap)
          Constructor for objects of class Allineamento
 
Method Summary
abstract  void eseguiAllineamento()
          Metodo astratto che calcola l'allineamento ottimo
 MatriceSostituzione matriceSostituzione()
          Metodo che restituisce la matrice di sostituzione
abstract  int maxPunteggio()
          Metodo astratto che restituisce il punteggio massimo globale
 PenalitàGap penalitàGap()
          Metodo che restituisce la penalità dei gap
abstract  java.lang.String[] percorsoOttimo()
          Metodo astratto che restituisce il percorso ottimo (dalla matrice p dei percorsi)
 Sequenza sequenza1()
          Metodo che restituisce la prima sequenza di aminoacidi
 Sequenza sequenza2()
          Metodo che restituisce la seconda sequenza di aminoacidi
 
Methods inherited from class java.lang.Object
clone, equals, finalize, getClass, hashCode, notify, notifyAll, toString, wait, wait, wait
 

Constructor Detail

Allineamento

public Allineamento(Sequenza sequenza1,
                    Sequenza sequenza2,
                    MatriceSostituzione matrice,
                    PenalitàGap penalitàGap)
Constructor for objects of class Allineamento

Method Detail

eseguiAllineamento

public abstract void eseguiAllineamento()
Metodo astratto che calcola l'allineamento ottimo


matriceSostituzione

public MatriceSostituzione matriceSostituzione()
Metodo che restituisce la matrice di sostituzione


maxPunteggio

public abstract int maxPunteggio()
Metodo astratto che restituisce il punteggio massimo globale

Returns:
il punteggio massimo

penalitàGap

public PenalitàGap penalitàGap()
Metodo che restituisce la penalità dei gap


percorsoOttimo

public abstract java.lang.String[] percorsoOttimo()
Metodo astratto che restituisce il percorso ottimo (dalla matrice p dei percorsi)

Returns:
array di Stringhe con tutti i percorsi ottimi

sequenza1

public Sequenza sequenza1()
Metodo che restituisce la prima sequenza di aminoacidi


sequenza2

public Sequenza sequenza2()
Metodo che restituisce la seconda sequenza di aminoacidi



Generated by BlueJ